ด้านการปกครอง
1. การปกครองในราชธานี หรือระเบียบบริหาราชการส่วนกลาง
ยังคงใช้ตามแบบกรุงศรีอยุธยาคือตำแหน่งอัครมหาเสนาบดี 2 ฝ่ายได้แก่
1.1 ฝ่ายทหาร คือเสนาบดีกรมพระกลาโหม ( สมุหพระกลาโหม ) มีอำนาจหน้าที่ บังคับบัญชา ดูแลหัวเมืองฝ่ายใต้ ใช้ตราคชสีห์เป็นตราประจำตำแหน่ง
1.2 ฝ่ายพลเรือน คือ เสนาบดีกรมมหาดไทย ( สมุหนายก ) มีอำนาจหน้าที่ บังคับบัญชา ดูแลหัวเมืองฝ่ายเหนือ ใช้ตราราชสีห์เป็นตราประจำตำแหน่ง
นอกจากนี้ยังมีตำแหน่งเสนาบดีจตุสดมภ์ ช่วยบริหารงาน 4 ฝ่าย ประกอบด้วย
1.2.1 กรมพระนครบาล ( กรมเวียง )
1.2.2 กรมพระธรรมาธิกรณ์ ( กรมวัง )
1.2.3 กรมพระโกษาธิบดี ( กรมคลัง )
1.2.4 กรมพระเกษตราธิการ ( กรมนา )
กรมเวียง หรือ กรมเมือง เสนาบดีคือ พระยายมราช มีอำนาจหน้าที่ปกครองดูแลราษฎรในเขตกรุง รักษาความสงบเรียบร้อยและปราบโจรผู้ร้าย มีตราพระยมทรงสิงห์ เป็นสัญลักษณ์ประจำตำแหน่ง
กรม วัง เสนาบดี คือ พระยาธรรมา มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับราชการในราชสำนัก จัดการพระราชพิธีทั่วไป รวมทั้งพิจารณาคดีที่พระมหากษัตริย์จะต้องวินิจฉัยด้วย จึงได้นามอีกอย่างหนึ่งว่า ธรรมาธิกรณ์ หมายถึง ผู้วินิจฉัยคดีพิพาท ให้เป็นธรรม ใช้ตราเทพยดาทรงพระนนทิการ (เทวดาทรงพระโค ) เป็นสัญลักษณ์
กรมคลัง หรือ กรมท่า มีอำนาจหน้าที่ บังคับบัญชาหัวเมืองชายทะเลภาคตะวันออก ใช้ตราบัวแก้วเป็นสัญลักษณ์ แบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบเป็น ฝ่ายการเงิน มีหัวหน้าคือ พระยาราชภัคดี
ฝ่ายการต่างประเทศ มีหัวหน้าคือ พระยาศรีพิพัฒน์
ฝ่ายตรวจบัญชีและดูแลหัวเมืองชายทะเลตะวันออก มีหัวหน้าคือ พระยาพระคลัง
กรมนา มีอำนาจหน้าที่ดูแลรักษานาหลวง เก็บหางข้าว ค่านา จัดเก็บและรักษาเสบียง อาหารสำหรับพระนคร พิจารณาคดีเกี่ยวกับที่นา ใช้ตราพระพิรุณทรงนาคเป็นสัญลักษณ์
2. การปกครองหัวเมือง หรือ ระเบียบบริหารราชการส่วนภูมิภาค การปกครองหัวเมือง คือการบริหารราชการแผ่นดินตามหัวเมืองต่าง ๆ แบ่งออกเป็น 3 ประเภท
2.1 หัวเมืองชั้นใน
2.2 หัวเมืองชั้นนอก
2.3 หัวเมืองประเทศราช
หัวเมืองชั้นใน เดิมเรียกว่าเมืองลูกหลวงหรือเมืองหน้าด่าน เมืองชั้นใน จะตั้งอยู่รอบเมืองหลวง ถือว่าเป็นบริวารของเมืองหลวง เมืองชั้นในไม่ได้เป็นเมืองอย่างแท้จริง เพราะไม่มีเจ้าเมืองปกครอง มีแต่ผู้รั้ง หรือ จ่าเมือง ทำหน้าที่ดูแล ไม่มีอำนาจอย่างเจ้าเมือง การบริหารงานต้องรับคำสั่งจากเสนาบดีจัตุสดมภ์ หรือฟังคำสั่งจากเมืองหลวง หัวเมืองชั้นใน มีความสำคัญเป็นเมืองระดับชั้นจัตวา
หัวเมืองชั้นนอก เป็นเมืองที่ตั้งอยู่ในราชอาณาจักร เมืองเหล่านี้จัดแบ่งเป็นระดับชั้น ตามขนาด จำนวนพลเมือง ความสำคัญ แบ่งเป็นชั้นเอก ชั้นโท ชั้นตรี และอาจมีเมืองเล็ก ๆ ( เมืองชั้นจัตวา ) อยู่ใต้สังกัด เจ้าเมืองเหล่านี้ มีอำนาจสิทธิ์ขาดในเมืองของตน แต่ต้องปฏิบัติตามพระราชโองการและนโยบายจากเมืองหลวงตามเขตความรับผิดชอบ กล่าวคือหัวเมืองที่ตั้งอยู่ในภาคเหนือและภาคอิสาน อยู่ในความรับผิดชอบของสมุหนายก
หัวเมืองที่ตั้งอยู่ในภาคใต้ อยูในความรับผิดชอบของสมุหกลาโหม
หัวเมืองชายทะเลภาคตะวันออก อยู่ในความรับผิดชอบของ กรมท่า ( พระยาพระคลัง )
หัวเมืองที่สังกัดกรมท่า มี 9 เมือง ได้แก่ นนทบุรี สมุทรปราการ สาครบุรี สมุทรสงคราม ชลบุรี บางละมุง ระยองจันทบุรี ตราด
เมืองชั้นเอก พระมหากษัตริย์เป็นผู้แต่งตั้งเจ้าเมืองเอง ในสมัยรัชกาลที่ 1 ได้แก่ พิษณุโลก นครราชสีมา นครศรีธรรมราช ถลาง และสงขลา
เมืองชั้นโท ตรี และจัตวา เสนาบดีที่รับผิดชอบเป็นผู้แต่งตั้งเจ้าเมือง
หัวเมืองประเทศราช หรือ เมืองขึ้น เป็นเมืองของชาวต่างชาติต่างภาษา หรือ ประเทศเหล่านั้นยอมอยู่ภายใต้การคุ้มครองของไทย มีเจ้าเมืองหรือกษัตริย์ ปกครองกันเอง ตามจารีตประเพณีของแต่ละชาติ การเป็นเจ้าเมืองหรือกษัตริย์ จะต้องบอกหรือเข้ามากราบบังคมทูล ขอให้เป็นผู้แต่งตั้งให้ โดยเมืองขึ้นมีหน้าที่ส่งเครื่องราชบรรณาการ และต้องถวายต้นไม้เงินต้นไม้ทองมาให้ โดยปรกติจะจัดส่ง 3 ปีต่อครั้ง ต้องเกณฑ์ทัพมาช่วยถ้ามีศึกสงคราม
ประเทศราชในสมัยรัชกาลที่ 1 ได้แก่ ล้านนา (เชียงใหม่ ) ล้านช้าง หรือ ลาว ( หลวงพระบาง เวียงจันทน์ จำปาศักดิ์ ) เขมร ( กัมพูชา ) หัวเมืองมลายู ( ปัตตานี ไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู )
ด้านกฎหมายและการศาลไทย
กฎหมาย ไทยนั้นได้รับอิทธิพลมาจากอินเดียที่เรียกว่า คัมภีร์พระธรรมศาสตร์ หรือคัมภีร์ธรรมสัตกัมของอินเดีย ซึ่งไทยได้รับการถ่ายทอดมาจากมอญอีกต่อหนึ่ง ในการตัดสินคดีความนั้นจะมีพรมหมณ์ ที่เรียกว่า ลูกขุน ณ ศาลหลวง จำนวน 12 คนไปผู้ชี้ตัวบทกฎหมายว่าใครผิดใครถูก จากนั้นจึงส่งเรื่องไปให้ตุลาการบังคับคดี หรือ ลงโทษผู้กระทำผิดตามที่ลูกขุนตัดสิน
พระธรรมศาสตร์ เป็นบทบัญญัติที่ว่าด้วยสิทธิหน้าที่ของบุคคลทั้งทางแพ่งและอาญา ซึ่งเทียบได้กับกฎหมายแม่บทของไทยในปัจจุบันคือ กฎหมายรัฐธรรมนูญ พระมหากษัตริย์จะตราพระราชกำหนดกฎหมายใด ๆ ต้องคำนึงถึงพระธรรมศาสตร์ จะทรงตรากฎหมายให้ขัดกับพระธรรมศาสตร์ไม่ได้ กฎหมายที่ใช้เป็นบรรทัดฐานในการปกครองประเทศอีกประเภทหนึ่งคือ พระราชศาสตร์ เป็นพระราชวินิจฉัยในอรรถคดีต่าง ๆ ของพระมหากษัตริย์ เป็นบทบัญญัติปลีกย่อย จากพระธรรมศาสตร์ เรียกว่า สาขาคดี
ในการไต่สวน พิจารณาคดีในสมัยโบราณ เนื่องจากยังขาดความรู้ในเรื่องการสอบสวน จึงนิยมใช้วิธีการแบบจารีตนครบาล โดยการทรมานผู้ต้องหาให้รับสารภาพ เช่น ตอกเล็บ เฆี่ยนตี ลุยเพลิง เสี่ยงเทียน บีบขมับ
การแก้ไขกฎหมาย ในปี พ.ศ. 2347 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก โปรดให้ชำระกฎหมาย อันเนื่องมาจาก อำแดงป้อมฟ้องหย่า นายบุญศรีผู้เป็นสามี มีอาชีพเป็นช่างเหล็กหลวง ซึ่งอำแดงป้อมมีชู้ แต่กลับมาฟ้องหย่าสามี ในสมัยนั้นถ้าภรรยาฟ้องหย่าตามกฎหมายภรรยาจะได้ทรัพย์สินก่อนแต่งงานเป็นของ ตน รัชกาลที่ 1 เห็นว่าไม่ถูกต้อง จึงโปรดให้ชำระกฎหมายใหม่ โดยโปรดเกล้าฯ ให้จัดข้าทูลละอองธุลีพระบาท ประกอบด้วยอาลักษณ์ 4 นาย ฝ่ายลูกขุน 3 นาย ฝ่ายราชบัณฑิต 4 นาย รวม 11 นาย ร่วมกันชำระพระราชกำหนดบทพระอัยการในแผ่นดิน ตั้งแต่พระธรรมศาสตร์ลงมา โดยจัดเป็นหมวดหมู่และปรับปรุงให้ยุติธรรมยิ่งขึ้น เมื่อชำระเสร็จ เรียบร้อยแล้ว ได้โปรดให้อาลักษณ์คัดลอกไว้รวม 3 ชุด โดยเก็บรักษาไว้ที่ห้องเครื่องชุดหนึ่ง หอหลวงชุดหนึ่ง ศาลหลวงชุดหนึ่ง โดยให้ประทับตราพระราชสีห์ พระคชสีห์ และตราบัวแก้ว ไว้เป็นสำคัญทุกเล่ม ด้วยเหตุนี้ จึงเรียกว่า กฎหมายตราสามดวง หรือ ประมวลกฎหมายรัชกาลที่ 1
